質問・問題
以下の方法で、Linux 環境から Amazon FSx for Windows File Server のファイル共有を利用することは可能かと思いますが、
Linux 環境から Amazon FSx for Windows File Server のファイル共有にアクセスする
https://aws.amazon.com/jp/blogs/news/access-file-shares-on-amazon-fsx-for-windows-file-server-from-a-linux-environment/
接続方法として、ドメインに参加し DNS 名を指定した場合、Amazon FSx for Windows File Server の自動フェイルオーバーは機能しますか？
回答・解決方法
FSx ファイルシステムの接続元クライアントが Linux の場合、DNS ベースの自動フェイルオーバーは機能いたしません。
接続方法 (IP アドレスを指定するか、ドメインに参加し DNS 名を指定するか) に関わらず、フェイルオーバー発生時には、スタンバイ側のファイルサーバーに接続できない状況となります。
優先サブネットのファイルサーバーが使用可能になりフェイルバックした際には、そちらへの再接続が実施されることが想定されます。
【参考記事】
Linux のクライアントでのフェイルオーバーのエクスペリエンス
https://docs.aws.amazon.com/ja_jp/fsx/latest/WindowsGuide/high-availability-multiAZ.html#linux-failover
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Linux のクライアントでのフェイルオーバーのエクスペリエンス
Linux のクライアントは、DNS ベースの自動フェイルオーバーをサポートしていません。そのため、フェイルオーバー時にスタンバイファイルサーバーに自動的に接続されることはありません。マルチ AZ ファイルシステムが優先サブネット内のファイルサーバーにフェイルバックした後、ファイルシステムオペレーションを自動的に再開します。
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Linux 環境から Amazon FSx for Windows File Server のファイル共有にアクセスする
https://aws.amazon.com/jp/blogs/news/access-file-shares-on-amazon-fsx-for-windows-file-server-from-a-linux-environment/
※ 上記内容は執筆時点でのAWSドキュメントや、AWSサポートへの問い合わせの回答に基づいたものとなっております。将来的な仕様変更やドキュメント修正等により変更となる可能性がございます。