SQL Server の利用にあたり、BYOL を行った場合と SQL Server ライセンスを含むAMIからEC2インスタンスを起動する場合の機能の差分や制約についておしえてください。
機能面での差分につきましては特にございません。
しかしながら、インストールメディアの取り扱いについての以下の制約がございます。
SQL Server ライセンスを含む AMI からEC2インスタンスを起動される場合は、該当のインスタンス内に含まれるセットアップ用のメディア（ C:\SQLServerSetup にございます）をご使用いただけますが、SQL Server ライセンスを持ち込まれる場合は ご自身のソフトウェアメディアを使用していただく必要があるといった点の違いがございます。
【参考記事】
AWS が提供する SQL Server AMI - Amazon Elastic Compute Cloud
https://docs.aws.amazon.com/ja_jp/AWSEC2/latest/WindowsGuide/ami-windows-sql.html
Microsoft ライセンスモビリティ アマゾン ウェブ サービス (AWS)
https://aws.amazon.com/jp/windows/resources/licensemobility/
よくある質問 - AWS と Microsoft | AWS
https://aws.amazon.com/jp/windows/faq/#byol-sql
Microsoft ライセンス